माइक्रोस्कोप मानव जाति के सबसे महान आविष्कारों में से एक है। इसके आविष्कार से पहले, अपने आस-पास की दुनिया के बारे में मानव विचार नग्न आंखों का उपयोग करने, या नग्न आंखों से देखने में मदद के लिए लेंस रखने तक ही सीमित थे।
सूक्ष्मदर्शी ने मानव दृष्टि में एक पूरी नई दुनिया खोल दी है, पहली बार मानव शरीर से लेकर पौधों के रेशों तक सैकड़ों "नए" छोटे जानवरों और पौधों की आंतरिक कार्यप्रणाली को देखा है। माइक्रोस्कोपी वैज्ञानिकों को नई प्रजातियों की खोज करने और डॉक्टरों को बीमारी का इलाज करने में भी मदद करती है।
पहला सूक्ष्मदर्शी 16वीं शताब्दी के अंत में नीदरलैंड में बनाया गया था। आविष्कारक यास जेन्सेन, एक डच ऑप्टिशियन या एक अन्य डच वैज्ञानिक, हंस लिप्सच थे, जिन्होंने दो लेंसों के साथ सरल सूक्ष्मदर्शी बनाए लेकिन इन उपकरणों के साथ कोई महत्वपूर्ण अवलोकन नहीं किया।
बाद में दो लोगों ने विज्ञान में सूक्ष्मदर्शी का उपयोग करना शुरू किया। पहले इतालवी वैज्ञानिक गैलीलियो गैलीली थे। उन्होंने पहली बार किसी कीट का उसकी मिश्रित आँखों के बाद सूक्ष्मदर्शी के माध्यम से वर्णन किया। दूसरे थे डच लिनन व्यापारी लीउवेनहॉक (1632-1723), जिन्होंने स्वयं लेंस को तेज़ करना सीखा था। पहली बार, उन्होंने नग्न आंखों से अदृश्य कई छोटे पौधों और जानवरों का वर्णन किया।
1931 में, अर्न्स्ट रुस्का ने एक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप विकसित करके जीव विज्ञान में क्रांति ला दी। यह वैज्ञानिकों को एक मिलीमीटर के दस लाखवें हिस्से जितनी छोटी वस्तुओं का निरीक्षण करने की अनुमति देता है। 1986 में उन्हें नोबेल पुरस्कार से सम्मानित किया गया।