माइक्रोस्कोप की उत्पत्ति का पता 16वीं शताब्दी में लगाया जा सकता है। हालाँकि आवर्धन और लेंस की अवधारणा सदियों से ज्ञात थी, इस समय के दौरान छोटी वस्तुओं को आवर्धित करने के लिए ऑप्टिकल उपकरणों के विकास में महत्वपूर्ण प्रगति हुई थी।
मिश्रित सूक्ष्मदर्शी का आविष्कार करने का श्रेय, जो वस्तुओं को बड़ा करने के लिए कई लेंसों का उपयोग करता है, अक्सर डच वैज्ञानिक जकारियास जानसेन को दिया जाता है। वर्ष 1590 के आसपास, जैनसेन और उनके पिता हंस जानसेन, जो चश्मा निर्माता थे, ने एक ट्यूब में कई लेंस रखकर एक माइक्रोस्कोप का निर्माण किया। यह प्रारंभिक माइक्रोस्कोप एक महत्वपूर्ण सफलता थी क्योंकि इसने पिछले आवर्धक उपकरणों की तुलना में उच्च आवर्धन और बेहतर स्पष्टता की अनुमति दी थी।
हंस और जकारियास जानसेन के माइक्रोस्कोप की एक सीमा थी कि यह रंगीन विपथन से पीड़ित था, जहां अलग-अलग रंग अलग-अलग बिंदुओं पर ध्यान केंद्रित करते थे, जिसके परिणामस्वरूप धुंधली छवियां होती थीं। इस सीमा को बाद में एक अन्य डच वैज्ञानिक, एंटोनी वैन लीउवेनहॉक ने संबोधित किया। 17वीं शताब्दी के अंत में, लीउवेनहॉक ने माइक्रोस्कोप के डिजाइन को परिष्कृत किया और अपने स्वयं के शक्तिशाली लेंस विकसित किए। उन्होंने उल्लेखनीय वृद्धि हासिल की और अपने सूक्ष्मदर्शी का उपयोग करके बैक्टीरिया और प्रोटोजोआ जैसे सूक्ष्मजीवों का निरीक्षण और दस्तावेजीकरण करने वाले पहले व्यक्ति थे।
लीउवेनहोक के सूक्ष्मदर्शी सरल और एकल-लेंस उपकरण थे जिन्हें "सरल सूक्ष्मदर्शी" या "लीउवेनहोक सूक्ष्मदर्शी" के रूप में जाना जाता था। इन सूक्ष्मदर्शी में एक धातु की प्लेट पर लगा एक छोटा, उच्च गुणवत्ता वाला कांच का गोला होता था, जिसमें सुई की नोक पर नमूना रखा जाता था। नमूने और लेंस के बीच की दूरी को सावधानीपूर्वक समायोजित करके, लीउवेनहॉक ने 270 गुना तक का आवर्धन प्राप्त किया।
रॉबर्ट हुक और अर्न्स्ट एब्बे जैसे अन्य उल्लेखनीय वैज्ञानिकों के योगदान के साथ, सूक्ष्मदर्शी का विकास और परिशोधन सदियों से जारी रहा। 1665 में प्रकाशित हुक की पुस्तक "माइक्रोग्राफिया" ने सूक्ष्मदर्शी का उपयोग करके उनके अवलोकनों को प्रदर्शित किया और वैज्ञानिक अनुसंधान में सूक्ष्मदर्शी के उपयोग को लोकप्रिय बनाया।
आज, सूक्ष्मदर्शी जीव विज्ञान, चिकित्सा, सामग्री विज्ञान और नैनो प्रौद्योगिकी सहित विभिन्न क्षेत्रों में अपरिहार्य उपकरण बन गए हैं। वे अत्यधिक उन्नत उपकरणों के रूप में विकसित हुए हैं जो अविश्वसनीय रूप से उच्च स्तर के आवर्धन और रिज़ॉल्यूशन को प्राप्त करने में सक्षम हैं, जिससे वैज्ञानिकों को सूक्ष्म दुनिया के जटिल विवरणों का पता लगाने में मदद मिलती है।