जैविक सूक्ष्मदर्शी का आवर्धन आमतौर पर कम होता है, 40x से 1000x तक। ऐसा इसलिए है क्योंकि जैविक नमूने आमतौर पर पारदर्शी होते हैं और कोशिकाओं और ऊतकों की संरचनाओं का निरीक्षण करने के लिए मध्यम आवर्धन की आवश्यकता होती है।
एक जैविक माइक्रोस्कोप में, आवर्धन वस्तुनिष्ठ लेंस और ऐपिस के संयोजन से निर्धारित होता है। सामान्य वस्तुनिष्ठ लेंस आवर्धन में 4x, 10x, 40x और 100x शामिल हैं, जबकि ऐपिस में आमतौर पर 10x का आवर्धन होता है। इसलिए, एक विशिष्ट जैविक माइक्रोस्कोप का अधिकतम आवर्धन 100x उद्देश्य है जिसे 10x ऐपिस से गुणा किया जाता है, जो 1000x के बराबर होता है।
यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि जैविक माइक्रोस्कोप का आवर्धन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप जितना अधिक नहीं होता है क्योंकि जैविक नमूने अक्सर संरचना में जटिल होते हैं, और अवलोकन प्रक्रिया के लिए नमूनों की व्यवहार्यता और अखंडता को बनाए रखने की आवश्यकता होती है। इसके अतिरिक्त, जैविक माइक्रोस्कोप का रिज़ॉल्यूशन भी महत्वपूर्ण है क्योंकि जैविक संरचनाएं अक्सर बहुत छोटी होती हैं और बारीक विवरण देखने के लिए उच्च रिज़ॉल्यूशन की आवश्यकता होती है।
कुछ विशिष्ट अनुप्रयोगों में जिनके लिए उच्च आवर्धन की आवश्यकता होती है, जैसे कि पैथोलॉजिकल अनुसंधान या माइक्रोसर्जरी, उच्च आवर्धन प्राप्त करने के लिए उच्च आवर्धन ऐपिस (उदाहरण के लिए, 16x या अधिक) का उपयोग उपयुक्त ऐपिस के साथ संयोजन में किया जा सकता है। हालाँकि, इन उच्च-आवर्धन अवलोकनों के लिए आमतौर पर अधिक जटिल नमूना तैयार करने और माइक्रोस्कोपी तकनीकों की आवश्यकता होती है और ऑपरेटर से अधिक कौशल की आवश्यकता होती है।